福澳港是搭乘北竿、东引、莒光之交通工具，及东引与基隆往来之台马轮。为南竿岛主要的海上门户。
福澳港，当地人都称作福沃港，是南竿出航必经的码头，无论是前往东莒、北竿的闽珠2号、吉顺8号；或者是搭乘至台湾本岛的台马之星，都必须来此处搭船。许多游客前往马祖会选择搭飞机，但如遇到四、五月雾季，飞机常常停飞，不妨考虑至基隆港搭乘台马之星前往马祖，船上设施完备，除了有简单的贩卖部满足餐饮需求，还有电影院能免费看电影。此外，如果和行动不便的家人一同出游，还可以将车辆运至船上，连人一同上下船，满足南竿游玩时交通的需求。
福澳港交通：从台北有立荣航空飞机，一天七班，因常客满，必须即早订位。四、五月雾季班机易有延误之状况。另有从基隆出发的台马轮，到马祖约八小时，除星期一外，每日皆有航班。
离岛航线部分，从南竿到北竿搭船只要十几分钟，到莒光是一小时，到东引则为两小时。值得注意的是，冬季渡船常因风浪太大而停开，欲前往离岛，最好先向船公司洽询船期，以免旅程延误。另有直昇机前往离岛，不受天候影响，但一天只有一个班次。
