淡水为北台湾基督长老教会发展的根据地，而功劳最大者首当加拿大长老教会马偕牧师。马偕博士于1872年3月9日抵达淡水后，就积极地展开传教的工作。也学习闽南语和地方文化，而原租赁的房子，不但是作为医院，也是传教的地方。而在1873年为第一批信徒施洗，因无教堂，仅在租用住宅内进行。为了扩张宣教，经常率领学生到各地传教，开设教会，交由学生主持。虽然经历许多波折，却能让教会分布于整个北台湾，而北部第一所教堂设于五股，淡水教堂则是后来由偕医馆医师宿舍所改建的，现为县定古迹。
1901年马偕去世，教会进入了新的时代，由于实际及扩展需要，教堂于1915年改建为一所北美洲样式，砖造白灰墙，俗称白色礼拜堂，钟楼设于正门上方。1928年因不敷使用，决定改建，兴建经费除了由会友、学生和各友会奉献外，其大部分由马偕牧师儿子偕睿廉，向加拿大母会申请补助，且亲自设计、督建。于1932年改建，至1933年9月3日完工。
淡水礼拜堂有着仿哥德式的尖塔，采用扶壁，柱头以小帽尖装饰，外墙以清水砖砌造，内部采用有钢筋的RC柱及楼板，屋顶大跨距的铁骨承拖住，再以木板作天花板，左边是高耸的钟塔。1986年屋顶因传统屋瓦维修困难，故采用进口铝质浪板全面翻修，也将传统玻璃改为镶钳彩色玻璃，教堂正面有着圣父、圣子、圣灵三位一体，钟楼则是五饼二鱼及客西马尼祷告的基督教义，而教堂已配合淡水风光，成为有名的观光景点
