竹莲寺建于清康熙末年郑氏遗民小祠堂，相传乡民于树下见到一座观音佛像，便迎回供奉，乡民前往问神祈福，非常灵验，清乾隆四十八年，由新竹垦首王世杰捐地建庙，由于当时护城河边种植了许多竹子，所以称为竹莲寺。竹莲寺中古意盎然，墙上还挂有清光绪帝御笔大海慈震。
竹莲寺为新竹地区历史最久的佛寺，与都城隍庙、外天后宫并称新竹三大庙。为新竹地区居民信仰及土地移垦开发，留下历史纪录。寺内保存许多清代古物，尤以正殿三尊泥塑金身观音妈、左右护龙十八罗汉等神像栩栩如生，并保存全台罕见有双龙护边装饰的大海慈云御赐金匾最具价值。1951年整修时，由交趾陶名师朱朝凤烧制正殿龙虎堵交趾陶，采现场直接烧制按装，做工精细、构图纯熟，为当时罕见的大型作品，连同寺内各种彩绘、剪黏与雕塑作品，均提升竹莲寺在建筑艺术上的地位。
位于竹莲寺正殿上方的大海慈云匾额，源自清光绪13年(公元1888年)新竹大旱，知县方祖荫(生卒年不详)祈雨于城隍爷、龙神及观世音菩萨，相传当年观音妈应允降雨后，神像首度踏出竹莲寺绕境，队伍尚未抵达南寮渔港即风雨交加、普降甘霖，特请台湾巡抚刘铭传（公元1836年-1896年）奏请御书颁赐匾额。大海慈云匾额正记录当年新竹大旱历史，样式为金底黑字双龙抢珠，两侧有一对金龙护匾，正面中间则有光绪御笔之宝的御印。
竹莲寺正殿神龛共有3尊观音妈神像，均是泥塑金身、顶戴五佛冠，信众昵称大妈、二妈及三妈，位居最后方的大妈，是竹莲寺建庙之初奉祀的神像，二妈迎自南海普陀山法雨寺，也是清光绪13年(公元1888年)新竹大旱祈雨时，出巡绕境的神像，最前面尺寸较小者为年代最为久远的三妈，已3百多年历史。
正殿左右护龙十八罗汉神像，相传距今已有170多年历史，作者虽不可考，但雕塑形象十分古朴，还曾一度遭窃。但正殿观音妈指示十八罗汉相约出游，3年内必能找回，果然3年后被海关人员查获请回竹莲寺。
