水仙宫的主祀神明为有海洋之神之称的水仙尊王,也就是大禹治水故事中的夏朝开国君主夏禹,因大禹治水的能力以及精神,海路商人与渔民等靠海维生的民众皆拜祀大禹以祈求平安。年时拆除长和宫左侧店家,由新竹的郊商捐款兴建了水仙宫,将原本供奉于长和宫后殿的水仙尊王移祀至水仙宫。水仙宫的建筑格局为二殿二廊式,三川殿步口前的石柱为方形柱,步口员光为较特别的书卷形式,左侧外墙有三块石碑,其中长和宫碑是水仙宫的兴建纪录,为水仙宫的珍贵文物。
水仙宫主祀水仙尊王,是海洋之神,也就是夏代开国军主禹帝。水仙尊王原奉祀于长和宫后殿,为新竹北门地区郊商崇祀的航海神,后因市街日渐发展,于1863年在长和宫左侧拆除店屋另建水仙王殿祭祀水仙尊王。每年的农历十月初十是水仙尊王圣诞,是最盛大的庆典节日。
水仙宫是一栋二殿二廊规模的庙宇,三川殿步口并不宽敞,步口檐柱为方形石柱,步口员光为书卷形式,是较为特殊之处。水仙宫之正门以石鼓为门枕石,左侧外墙上有三块石碑,其中长和宫碑为新建水仙宫之纪录,捐款者为当时新竹主要的郊商。
新竹水仙宫与邻近的长和宫同为新竹大庙之一,水仙宫奉祀主神为水仙尊王,原供奉在长和宫后殿,在清同治2年(1863年)堑郊众等,一起决议在长和宫庙东的老抽分会之地兴建水仙宫。此次兴建由新竹林家的林福祥(生卒年不详)担任主事,郑家的郑用鉴(1789-1867年)担任总理。3年后清同治5年(1866年),水仙宫庙宇竣工落成,水仙尊王由长和宫后殿迎请至新庙奉祀,成为妈祖庙与水仙宫并存的庙宇。水仙宫庙址在北门街上,其街道为清代竹堑港与竹堑城北门的主要通道,连接起港口与市区之间的贸易网络,因此该街道有许多商家林立。此外,庙左侧邻近开台进士郑用锡(1788-1858年)的故居进士第、郑氏家庙。
清代时,台湾对外贸易皆需依赖船舶作货物运输,因此护佑航海平安的水仙尊王也是众商户的信仰之一,这也是水仙宫由新竹众郊商倡议兴建的原因之一,该庙与长和宫共同为新竹堑郊议事之地,1980年,长和宫水仙宫增建文昌殿,同年落成,迎奉文昌帝君安座;1986年,将文昌帝君迎请至水仙宫正殿虎边供奉;1997年,该庙再次修复,此次修复中聘请彩绘大师潘岳雄(1943年-?年),前来参与修复工程,并于这次修复中,在龙边增建神龛供奉关圣帝君。2003年,再度整修,2009年,庙后方新建文教大楼,成为该庙重要的文化场所。
新竹水仙宫与长和宫百年来护佑新竹地区的各行各业,在北门大街见证了竹堑城的风华,庙中的建筑以及许多文物都是新竹的文化瑰宝。水仙宫又称水仙王宫,新竹水仙宫为两殿三开间建筑,比邻外妈祖庙长和宫,水仙宫主祀神为海上守护神的水仙尊王,两侧供奉文昌帝君及关圣帝君。
一般来说这些历史上或神话上的人物,会成为水仙王大部分是因为生前和水产生了各式各样的关系,而各地供奉的水仙尊王有所不同,例如︰在台湾主要流传的水仙王即是一帝、二王、二大夫的说法,也就是禹帝(大禹)、奡王(寒奡,寒浞之子)、楚王(项羽)、伍大夫(伍子胥)、屈大夫(屈原)等五位。水仙宫的三川殿为硬山式建筑,屋脊上有许多精致剪黏作品,中脊以双龙朝珠,两侧则是鳌、鱼。
在明间檐柱部分,不同以往大家常见的龙柱,而是以方形石柱上题楹联一对,楹联内容是褒扬水仙尊王的功绩。两侧墙堵则是以龙、虎为题制作成交趾陶;正门墙堵的设计为上面木雕窗花,搭配下方石雕麒麟裙堵呈现;正门前方则有石鼓一对。进入庙中,可以看到彩绘大师潘岳雄所绘制的门神,沿着两侧回廊可至正殿。正殿屋架以两通三瓜呈现,四点金柱上刻有楹联。
神龛部分有水仙尊王、文昌帝君、关圣帝君,两侧皆有精美的木雕窗花、天湾罩等,神龛上也有书写对联,上方的梁、斗拱等绘有许多各式主题的彩绘作品。水仙宫除了有这些建筑工艺品外,庙中的古匾也是值得观赏。三川殿上有清道光15年(1835年)水郊众弟子所敬献的万世永赖。正殿神龛上有盛德在水匾,为清同治3年(1864年)由竹堑城众董事所敬献。这时候为水仙宫兴建期间,此匾见证了当时历史。