近年，随着台湾地区大陆与台湾地区《海峡两岸经济合作框架协议》（ECFA）的签订，两岸贸易已步入“快行期”。
近年，随着台湾地区大陆与台湾地区《海峡两岸经济合作框架协议》（ECFA）的签订，两岸贸易已步入“快行期”。虽然中药类商品尚未被纳入合作架构协议，但中药材贸易一直是两岸贸易不可缺少的一环。特别是由于台湾地理位置特殊，中药材资源有限，造成台湾对大陆中药材需求日趋旺盛，依存度日益提高。
据报道，在台湾地区，来自大陆的药材中有6.2%用于生产中药制剂；30%用于食品加工，包括香料、调味料和保健食品原料；33.8%用于中药房，包括中医师方剂、药膳食补方剂和民俗疗法原料；30%用于动物饲料添加剂、化妆品原料和环境卫生用品原料等方面。
源头检测不遗余力
药材原料的质量直接关系到成品的优劣，因此近年来台湾地区卫生主管部门加强了对中药材的管理，如“中医药委员会”下设中药组，负责中药材品质管制和安全管制，“药物食品检验局”设立中药生药学组，进行生药药材的鉴定、检验和品质调查等。
大多市售中药材为散装，易滋生霉菌影响中药材品质，因此台湾地区卫生主管部门决定对常用中药材限制包装标示。截至2008年，要求包括甘草、川芎、肉桂、杜仲、党参、黄芪、天麻、续断等324项进口及市售的中药材及饮片，其包装或标签应标示品名、重量、制造日期、有效期、厂商名称及地址，以有效管理源头，提高中药材质量。
针对中药材受污染及有害物质残留的现状，自2002年起，台湾地区卫生主管部门责成“药物食品检验局”负责监视并检测中药材污染情况；2004年责成“中医药委员会”收集中药品质标准；随后将203种中药材农药残留量、重金属和微生物限量、黄曲霉素含量、二氧化硫残留、马兜铃酸含量及检测等数值的调查研究结果汇编成《中华中药典》，于2004年5月1日起实施。该《药典》为台湾中药厂商提供了依据，凡进口、生产的中药品质与规格须符合其规定。
2004年台湾地区卫生主管部门公告杜仲、枇杷叶、肉桂、桂枝、白及、白加皮等7种中药材必须加做重金属检测，并对其限量标准做了规定：镉（2ppm)、铅（30ppm)、汞（2ppm)。此外，台湾是最早对大量中药材建立黄曲霉素限量标准的地区，2005年公告黄芪、莲子、薏苡仁、延胡索、八角茴香、红枣、大腹皮、女贞子、小茴香、山楂、山茱萸、枸杞、胡椒、橘皮14种中药材黄曲霉素限量标准皆为15ppb。
为了保障进口中药材的质量和安全，台湾地区卫生主管部门计划建立中药材管理机制，如建立“中药境外认证暨境内品质管制中心”，对中药材进行源头管理；同时，应用中药材标准检验技术为中药材的生产、采购品质把关。目前，台湾地区已有74种常用中药材经萃取、浓缩提取有效成分标准品，作为药材检测标准。未来“中医药委员会”计划将台湾地区市面上常用的297种中药材全部进行成分标定，以实现中药标准化管理，并建立亚太中药标准品供应机制。
