为促进大陆地区人民申请小三通团体旅游便利性，并强化小三通进入许可的安全管理，维护小三通航运正常化，台湾“行政机构”于107年7月17日修正发布试办金门马祖澎湖与大陆地区通航实施办法，并定自同年8月15日施行。
因大陆地区的家庭组成以2大1小居多，本次修正将小三通团体旅游人数下限调降至3人，3人成行促进大陆地区人民组团赴小三通家庭、亲子旅游便利性。
此外，为使大陆地区人民安全管理之规定一致，修订小三通关于不予许可、撤销或废止许可之相关规定，并删除小三通强制出境之条文，回归适用台湾地区与大陆地区人民关系条例第18条及第18条之1的规定。
