化石馆位于左镇乡荣和村之号，成立于台湾时间年，以菜寮溪沿岸为化石出土地。由于地质特殊，又恰好在滨海地带，因此乡内地层中散佈众多化石种类繁多。早坂一郎教授之后又发现了左镇人头盖骨化石、犀牛化石，使了菜寮溪声名大躁，成为台湾地区外研究考古的重镇。馆内的收藏以左镇所发现的化石为主，距今有三万多年的人类化石，还有古象、古鹿、犀牛、鳄鱼等，甚至鲨鱼、贝类、珊瑚都有，海洋、陆地的生物在同一地区出现，对于远古时期地球与台湾之间地质型态的演变，及造成生物进化影响等，有很大的考证助益与价值。
交通：台南火车站前搭兴南客运，至化石馆站下车。
