对于大多数私营企业、或者国企，台湾商务签证的签注要么是Y签注，要么是F签注。
Y签注：持国台办、区台办同意赴台湾地区批件赴台进行经济、文化、科技、体育、学术、合作研究等交流活动或者参见会议、进行两岸事务性商谈、采访。
F签注：持当地台办务办公室经济局“关于应邀往来台湾立项批复”赴台进行经贸、交流活动。
C签注：仅限于执行两岸直航航运任务的人员。
通行证上商务签注办理流程：
第一步：申请商务赴台人员先办理好台湾移民署签发的商务入台许可证；
第二步：带着入台证、台湾邀请函、行程表、邀请公司简介以及本人单位的营业执照、在职证明等资料到企业注册地台办申请批文；
最后一步：台办批文+入台证到公安局出入境办理台湾通行证以及Y签注；
