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清道光19年（1839）日茂行林家及地方士绅自泉州永宁（鳌城）恭请城隍至鹿港建庙，由于永宁城隍庙称为鳌亭宫，鹿港城隍庙亦沿用祖庙鳌亭宫为庙名。正殿主祀城隍，城隍受封为忠佑侯，神龛上方燮理阴阳匾，诉说城隍爷职责掌管阴阳两界。
清道光28年（1848）彰化、鹿港地区发生地震，城隍庙严重受损，遂由地方士绅倡议重修，道光30年（1850）完成修护。目前，庙内右侧墙面有一块「重修鹿港城隍庙」碑，是当时重修庙宇时，官员、船户、铺户、郊商的捐题缘金碑，是城隍庙的重要史料。鹿港于1933年实施市区改正，拆除鹿港不见天街，鹿港城隍庙的庙埕、三川殿均遭拆毁，仅存拜殿、正殿及后殿。
光复后，1958年曾重修庙宇，1985年经指定为第三级古迹，1995年由主管部门出资进行修复，并重建三川殿建筑，1995年完成。此次修复，三川殿木门屏窗堵雕刻，是薪传奖施镇洋的作品，极具艺术价值。
城隍庙为二进一院的建筑，分别为三川殿、正殿与后殿。城隍庙内有一面算盘与铜镜，象征城隍爷以算盘算计士民在阳世的功过，铜镜则有「善恶分明」之意。
