从2015年9月6日开始，台湾出入境移民署证件处理系统因为升级版本原因，导致台湾所有旅行社无法送件、缴费、下载，大量赴台人士被耽误（自由行与团体签证、商务、医美）。这种情况已经持续4天了，移民署还是没有修复好，至今也没有给出具体恢复时间。
台湾移民署系统每年在高峰期都要这样宕机几次，这么多次教训了竟然还没长进，真是让人无法理解，多么脆弱的IT系统。。
台湾出入境管理部门公关及新闻科科长 徐健麟：我们会交代机场说既然（大陆游客）已经核准了 ，那就让他们上飞机 ，我们到机场再来补证这样，今天如果它系统还没有办法恢复正常 ，我们明天早上就调回旧的系统 ，先用旧的系统去运作。
厦门卫视驻台记者 徐疆疆：现在我们眼前看到的这个，是台出入境管理部门的网上发证系统，原本这边应该显示的是，大陆来台游客的具体信息，但是现在我们可以看到，这里只有一条条的蓝条，而这种状况已经持续了三四天时间了。
台湾网上发证系统"卡壳"，造成众多大陆游客的入台证没办法打印，这是不是意味着游客必须滞留在大陆机场呢？台湾普欣旅行社就很苦恼，他们明天计划承接四个大陆旅游团，但是100多名大陆游客至今还没拿到证件。
台湾某家旅行社总经理 凌荣浚：我们是明天有遇到这样的状况 ，可是这两天已经有旅行社，遇到这样的状况了 ，甚至刚才有听到 ，十一点多的飞机起飞了 ，可是客人没办法上飞机 。
凌荣浚现场算了一笔账，如果因为入台证的问题造成游客无法成行，那么大陆组团社和台湾地接社不仅要全额退还游客的旅游费用，还要照常支付往返航班，预定的酒店、旅游车以及餐厅、导游的费用，这是很大一笔钱。
针对这种情况，今天台出入境管理部门解释，陆客赴台的人数越来越多，旧系统难以承载巨大的办证需求，因此台出入境部门从上周五起开始使用容量更大的新办证系统。之前测试都正常，没想到正式上线后却发生了这么严重的问题。目前已经采取了临时应急措施，近期大陆赴台游客有望采用先登机后领证的方式进行处理。这个措施根本就没有，官方说说而已的。
